Reconnue officiellement par la Fédération des Eglises protestantes de Madagascar (FFPM) en 1968, celle ci lui a donné son indépendance en 1996 lors de l’Assemblée extraordinaire du Comité Protestant réuni à Antsirabe.

Ainsi, la FPMA rassemble tous les chrétiens malgaches de confession protestante résidant ou de passage en France et réalisant ainsi la prière du Seigneur : « Père saint, garde-les en ton nom que tu m’as donné, afin qu’ils soient un comme nous » (Jean 17 : 11b). Elle s’efforce de faire des ressortissants malgaches de vrais chrétiens épanouis dans la foi tout en étant attaché à leur culture d’origine.

La FPMA est membre à part entière au sein de l’Alliance réformée mondiale (ARM ou WARC) et de la Fédération Luthérienne mondiale (FLM ou LWF). En 1979, elle devient membre associée de la Fédération Protestante de France (FPF). C’est en avril 2007, que la FPMA devient membre à part entière de la FPF (au même titre que l’ERF, ERE, ADVENTISTE etc…) Son siège se trouve à la Maison du Protestantisme, rue de Clichy, Paris. Depuis sa création, six présidents (ou pasteurs synodaux) se sont succédés.